A Assessoria Institucional trabalha no acompanhamento de Projetos de Lei de interesse do Sistema Fecomércio no Congresso Nacional, por meio da Assessoria Parlamentar da Confederação Nacional do Comércio (CNC).

À Assessoria Institucional cabe o apoio ao presidente, diretores e sindicatos filiados e associados em seus relacionamentos com os Poderes Legislativo e Executivo. Também participa do Fórum do Setor Produtivo do Distrito Federal como membro do Comitê Técnico e na elaboração e análise de políticas, propostas e pareceres.